На Західній Україні німці і місцеве населення влаштували погроми вже в кінці червня - початку липня 1941 р. У Львові 30 червня - 3 липня було вбито чотири тисячі євреїв, а 25-27 липня — близько двох тисяч. Через кілька днів після захоплення німцями Луцьку там було вбито дві тисячі євреїв; з двадцяти семи тисяч євреїв Рівногодвадцять одна тисяча була вбита в листопаді 1941 р.
Євреї центральної та східної України, яким не вдалося евакуюватися до приходу німців, потрапили в руки нацистів і розділили долю єврейського населення східноєвропейських областей (див., наприклад, Бабин Яр у Києві, Богданівка в Миколаївській області, Дробицький яр у Харкові). Наступ німецьких військ на схід і окупація ними великих територій СРСР привели до того, що під владу нацистів потрапила частина євреїв, які зуміли евакуюватися із західних районів країни на початку військових дій. Їх спіткала загальна доля єврейського населення окупованих територій (наприклад, в 1942 р. на Кубані). Багато громади Україні були знищені безслідно. Із сімдесяти єврейських центрів довоєнної України, доля яких невідома, 43 були знищені ще в 1941 р., а решта — до середини 1942 року.